Nguyên nhân chính xác của vết loét vẫn chưa được biết, nhưng các chuyên gia tin rằng một số yếu tố có thể góp phần vào sự xuất hiện của chúng, ngay cả trong cùng một cá nhân. Một số tác nhân có thể gây ra vết loét miệng là chấn thương nhẹ ở miệng do thủ thuật nha khoa, đánh răng quá mạnh, chấn thương thể thao hoặc vô tình cắn vào má. Ngoài ra, kem đánh răng và nước súc miệng có chứa natri lauryl sulfat, nhạy cảm với thực phẩm (đặc biệt là sô cô la, cà phê, dâu tây, trứng, các loại hạt, phô mai và thực phẩm cay hoặc có tính axit), chế độ ăn thiếu vitamin B-12, kẽm, folate (axit folic) ), hoặc sắt, phản ứng dị ứng với vi khuẩn cụ thể trong miệng, Helicobacter pylori (vi khuẩn gây loét dạ dày), thay đổi nội tiết tố trong kỳ kinh nguyệt và căng thẳng cảm xúc đều là những nguyên nhân có thể gây ra vết loét.
Ngoài ra, một số tình trạng và bệnh tật, chẳng hạn như bệnh celiac (một chứng rối loạn đường ruột nghiêm trọng do nhạy cảm với gluten), bệnh viêm ruột (như bệnh Crohn và viêm loét đại tràng), bệnh Behcet (một tình trạng hiếm gặp dẫn đến viêm khắp cơ thể, bao gồm miệng), một hệ thống miễn dịch bị lỗi tấn công các tế bào khỏe mạnh trong miệng thay vì mầm bệnh như vi rút và vi khuẩn, và HIV/AIDS (ức chế hệ thống miễn dịch) cũng có thể gây ra các vết loét. Điều quan trọng cần lưu ý là, không giống như vết loét lạnh, vết loét không liên quan đến nhiễm vi-rút herpes.
